La sección de morgue consta de 2 salas de autopsias, la número uno equipada con dos (2)  mesas de autopsia para los estudios de cadáveres no putrefactos y la sala número 2 con una mesa para cadáveres en estado de putrefacción y para estudios de restos óseos.

Se cuenta con cuatro (4)  técnicos de autopsia y cuatro (4) auxiliares conductores.

Cuenta además con un frigorífico de 15 gavetas, siendo la  morgue con más capacidad de almacenamiento de  cadáveres en el país.