De acuerdo a lo establecido en el Reglamento de la Ley Orgánica del Poder Judicial, el Instituto de Medicina Legal se organiza en los siguientes servicios clínica forense, patología forense, laboratorios y administración.
Para garantizar el mejor funcionamiento y en respuesta al crecimiento de la demanda, la creación de especialidades y de nuevos servicios, el instituto se estructura en el siguiente organigrama: